Poté, co v červnu 1988 arcibiskup Marcel Lefebvre nedovoleně vysvětil 4 nové biskupy se zakladatelé našeho Bratrstva, kteří s nedovoleným svěcením biskupů nesouhlasili, oddělili od svého duchovního otce a sešli se v Římě s tehdejším prefektem pro Kongregaci pro nauku víry kardinálem Ratzingerem s odvoláním na protokol z 5. května 1988 a prosbou, aby bylo Bratrstvo svatého Petra jako církevní společnost kanonicky založeno.
Když papež Jan Pavel II. vydal 6. července Motu proprio Ecclesia Dei učinilo několik bývalých členů Bratrstva sv. Pia X. v Římě první zakládající akt. Aby založení bylo postaveno na širším základě, bylo opakováno 18. července 1988 dvanácti kněžími a několika seminaristy v cisterciáckém opatství Hauterive ve Švýcarsku. Ke zřízení našeho Bratrstva Svatým stolcem se všemi patřičnými náležitostmi došlo 18. října 1988.
Krátce po založení bylo Bratrstvo umístěno Msgr. Josefem Stimpfle, biskupem Augsburgu (Německo) do Wigratzbadu, malého mariánského poutního místa v Bavorsku. Zde se také dnes nachází náš evropský seminář našeho Bratrstva.